化学合成的多肽抗原是小分子，本身很难具有好的抗原性，只能诱导动物产生很弱的免疫反应，因而与载体蛋白耦联是很重要的。载体蛋白含有很多抗原决定基，能够刺激T－帮助细胞，进而诱导B－细胞反应。用于与多肽耦联的载体蛋白有多种，其中最常用的是keyhole limpet hemacyanin (KLH), 牛血清白蛋白（bovine serum albumin，BSA）, 卵清蛋白（ovalbumin，OVA）和牛甲状腺球蛋白（bovine thyroglobulin，THY)。KLH具有更高的抗原性，是最为常用的多肽耦联载体。BSA也常用来作为多肽载体，但由于BSA经常被用做检测试验的阻断剂而使得该方法生产的抗体在应用上存在着一定的局限性。

设计合成性多肽常常被忽略的一个方面是如何将多肽耦联到载体蛋白上。例如，N－端序列需要通过C－端氨基酸耦联，而C－端序列则需要通过N－端氨基酸耦联。内部序列则可以耦联到任何一端。内部序列耦联的另一考量则是将非共轭端酰基化或氨基化，因为原蛋白分子序列中不会含有带电荷的末端。最常用的耦联方法都是基于自由氨基(alph-氨基 或 Lys)、sufhydryl (Cys)或羧基集团(Asp, Glu, 或 alpha-羧基)的存在。所有的耦联方法都应该是通过羧基或氨基端残基将多肽耦联到载体蛋白上。所选序列不能有多个残基都能参与所选耦联化学反应。如果多个反应位点存在，可以考虑将多肽序列缩短，或者选择所有反应位点都位于一端的多肽。对于内部序列通常会使用离所预测抗原位点较远的一端进行耦联，这样可以避免可能的屏蔽问题。

除非研究人员另做说明，我们通常使用EDC (1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide hydrochloride)或carbodiimide 方法将多肽和载体进行耦联。Carbodiimides能激活天冬酰胺酸及谷氨酸的侧链羧基集团及末端羧基集团，使之与主胺基发生耦联反应。激活的多肽与载体蛋白混合而产生最终的共轭体。如果载体蛋白先被激活，EDC方法则通过N－末端alpha－氨基，或者，如果序列中有赖氨酸的话，则可以通过赖氨酸的侧链氨基与载体蛋白耦联。m-Maleimidobenzoyl-N-hydroxysuccinimide 酯(MBS)是一种双性多肽耦联试剂，可以将多肽与载体蛋白通过半胱氨酸耦联。耦联发生在半胱氨酸的硫醇基。如果多肽序列中不包括半胱氨酸，可以将一个半胱氨酸加到多肽的N-端或C-端，以获得可控性更强的多肽与载体蛋白的耦联。为了合成方便，我们建议将半胱氨酸加到多肽的N-末端。戊二醛是一种双作用耦联试剂，可以将两个化合物通过氨基集团耦联在一起。戊二醛能起到非常灵活的间隔多肽和载体蛋白的作用，时多肽能尽可能的暴露给免疫系统。但是，戊二醛是一种反应性很强的化合物，可以和Cys, Tyr及His等氨基酸发生一定程度的反应。反应后会形成结构很难预测的共轭体。因此，如果多肽序列末端只含有一个单一的自由氨基时，戊二醛方法非常有用。如果多肽含有多个自由氨基集团，会形成多聚合物，结构很难预测，尽管有很高的抗原性。

因为与BSA耦联的多肽刺激产生的抗血清也含有针对BSA的抗体，一次可能导致假阳性结果。尽管KLH较大并有抗原行，但它在耦联过程中可能会沉淀，因而有时候会很难处理。卵清蛋白（OVA）是另一种可以使用的载体蛋白。当要检验抗体只是针对多肽而不是针对载体蛋白时，OVA时用作第二载体的很好选择。当要将抗体抗载体蛋白的反应降到最低时，可以使用兔血清白蛋白做载体。用RSA耦联体免疫过的兔子不太可能产生针对载体的抗体，因为RSA是兔子自身的蛋白。如果注射动物不是兔子RSA则不会被认为是自体蛋白。

免疫系统是对多肽－载体蛋白整体发生反应的，即免疫反应有一部分是针对耦联多肽，一部分是针对中间连接体，有一部分是针对载体蛋白。当用ELISA做筛选时建议使用不同载体蛋白耦联的多肽聚合物。如果ELISA是在非耦联多肽涂层的多孔板上做时则没有必要这样做。