多肽的溶解性很大程度上取决于多肽的极性。酸性的蛋白溶解于碱性溶液，而碱性蛋白可溶解于酸性溶液，含有大量不带电荷的极性氨基酸残基或疏水性氨基酸的疏水性多肽和中性多肽可先溶解于少量有机溶剂中，如DMSO、DMF、醋酸、乙腈、甲醇、丙醇或异丙醇，然后加水（蒸馏水）稀释。含有甲硫氨酸或半胱氨酸的多肽不能用DMSO溶解，因为DMSO可能造成侧链氧化。 

多肽溶解测试： 在多肽溶解之前先取小部分进行多肽溶解测试，您需要测试几种不同的溶剂，直到找到最适当的一种。超声处理有助于打碎颗粒并增加溶解度。（注意: 超声处理会引起溶液发热和多肽降解。）

1. 将每个酸性氨基酸赋值为－1，包括天冬氨酸（D）、谷氨酸（E）、以及羧基末端-COOH。每个碱性氨基酸赋值为＋1，包括精氨酸（R）、赖氨酸（K）、组氨酸（H）以及氨基末端-NH2。然后计算整个多肽的电荷数。

2. 如果整段肽所带电荷是阳性的，说明该肽是碱性的。可先尝试用蒸馏水来溶解；如果不溶于水，接着尝试用少量10%-25%醋酸溶解，如果仍然失败的话，添加一些TFA（10-50微升）来增溶，然后用水稀释至理想浓度。

3. 如果整段肽所带电荷是阴性的，说明该肽是酸性的。酸性的多肽可以尝试用PBS（PH 7.4）来溶解，如果不溶的话，添加少量的碱性溶剂，如0.1 M的碳酸氢铵，然后加水稀释至理想浓度。含有游离半胱氨酸的多肽应溶于脱气的酸性缓冲液中，因为当PH值大于7时，巯基会被迅速氧化成二硫化物。

4. 如果整段肽电荷是零，说明肽是中性的。中性肽通常溶于有机溶剂。首先，尝试添加少量乙腈、甲醇或异丙醇。对于高度疏水的多肽，可使用少量的二甲基亚砜溶解，然后用水稀释至理想浓度。对于含有自由半胱氨酸的肽，需使用DMF而不是DMSO。对于有聚集倾向的肽，可添加6M盐酸胍或8M尿素，然后进行必要的稀释。为了防止或尽量减少多肽降解，请将多肽以冻干粉形式保存在-20°C，-80°C更佳。如果需要保存溶液肽，最好分成小样存放，以避免反复冻融。一份样品融冻后未用完，应扔掉。细菌降解有时会成为溶液肽的麻烦，所以请将肽溶于无菌水或肽溶液过滤除菌。 

碱性氨基酸: K, R, H, N-terminus
酸性氨基酸: D, E, C-terminus
极性中性氨基酸: F, I, L, M, V, W, Y
非极性疏水氨基酸: G, A, S, T, C, N, Q, P, 乙酰基，酰胺基

举例说明：

RKDEFILGASRHD: (+5) + (-4) = +1 认为是碱性多肽，见步骤2
EKDEFILGASEHR: (+4) + (-5) = -1 认为是酸性多肽，见步骤3
AKDEFILGASEHR: (+4) + (-4) = 0 认为是中性多肽，见步骤4